Відділ науки та екологічної освіти
У своїй діяльності відділ керується Указами Президента України, Рішеннями та Постановами КМУ, Міністерства екології та природних ресурсів України, Положенням про Яворівський НПП, а також законами України «Про природно-заповідний фонд», «Про охорону навколишнього природного середовища» та ін.
Відділ рекреації та туризму
Організовує і планує проведення природоохоронних заходів пов’язаних з використанням природних ресурсів. Забезпечує реалізацію послуг пов’язаних з використанням природних ресурсів вітчизняним та зарубіжним споживачам. Складає місячні і квартальні звіти по відповідних формах. Займається влаштуванням та експлуатацією місць відпочинку та еколого-пізнавальних стежок і туристичних маршрутів.
Природоохоронні науково-дослідні відділення Янівське та Млинківське
Здійснює керівництво науково-дослідною та господарською діяльністю відділення. Здійснює державний контроль за дотриманням режиму території, використанням, відтворенням, охороною і захистом природних екосистем у зоні розміщення відділення. Контролює за правильністю природокористування на землях, закріплених за іншими користувачами.
Відділ державної охорони природно-заповідного фонду
Здійснює загальне керівництво, організацію і проведення всіх технічних та виробничо-господарських заходів щодо використання, відтворення, охорони і захисту природних комплексів. Організовує і контролює виконання природоохоронних заходів, відпуску лісу на пні, забезпечення протипожежної профілактики.
Відділ господарського забезпечення та рекреаційного облаштування
У своїй діяльності відділ керується законами України, указами Президента України, рішеннями та постановами КМУ, Міністерства екології та природних ресурсів України, а також положенням про Яворівський НПП.
Відділ бухгалтерського обліку та економіки
У своїй діяльності відділ керується Конституцією та законами України, актами Президента України та КМУ, наказами Мінфіну, іншими нормативно-правовими актами, що регламентують бюджетні відносини і фінансово-господарську діяльність бюджетної установи, наказами керівника бюджетної установи, а також положенням про відділ.
Науково-дослідний розсадник
Організовує виробничо-господарську діяльність розсадника, розробляє перспективні і поточні плани виробничо-господарської діяльності розсадника. Організовує виконання робіт з догляду за саджанцями, вирощування саджанців та їх реалізація. Забезпечує відповідність продукції розсадника вимогам чинних стандартів. Організовує навчання та тренінгу коників-польських для участі в рекреаційно-туристичних атракціях. Здійснює організаційне забезпечення годівлі коней, інших тварин.