Відповідно до Положення «Про наукову діяльність заповідників і національних природних парків України» та Положення «Про Яворівський національний природний парк» наукові дослідження проводяться з метою розробки наукових основ охорони, відтворення та оптимального використання природних ресурсів, запорвадження моніторингу природного середовища.

Головною науково-дослідною темою є ведення Літопису природи згідно методичного посібника (Андрієнко Т.Л., Попович С.Ю., Парчук Г.В. та ін. “Програма Літопису природи для заповідників та національних парків”, 2002 р.).

Науковим куратором Яворівського НПП є географічний факультет Львівського національного університету ім. І. Франка.

З метою вирішення складних наукових, організаційних, фінансово-матеріальних та інших важливих питань при національному парку створена і діє науково-технічна рада, яку очолює директор.

Яворівський НПП, відповідно до покладених на нього завдань, проводить наукові дослідження спрямовані на виконання програми Літопису природи:

• ведення систематичних спостережень за сезонними явищами природи, аналіз метеорологічних даних;
• інвентаризація флори і фауни на території ЯНПП та на територіях, що плануються включити до його складу;
• виявлення та картографування нових локалітетів рідкісних видів рослин і тварин;
• картування місць поширення інвазійних видів рослин на території парку;
• дослідження поширення, структури популяцій, особливостей розмноження рідкісних видів рослин, занесених до Червоної книги України;

• моніторинг чисельності і просторового розподілу мисливських ссавців регіону Розточчя;
• інвентаризація фауни хребетних тварин на території БР «Розточчя»;
• вивчення антропогенного впливу і рекреаційного навантаження (фактору турбування) на стан популяцій рідкісних і фонових видів ссавців парку та прилеглих територій;
• розробка планів охорони та збереження рідкісних видів рослин та тварин;
• вивчення впливу рекреаційної та господарської діяльності на екосистеми парку;
• вивчення екологічних груп рослин.

У складі ЯНПП функціонує відділ науки та екологічної освіти, фахівці якого безпосередньо виконують наукові дослідження. Для виконання вузькоспеціалізованих науково-дослідних робіт залучаються спеціалісти інших наукових установ.